Στην αρχαία Φλύα λατρευόταν ο ‘Ήφαιστος, η ‘Άρτεμις και πολλές θεότητες σχετικές με τη βλάστηση και τον κάτω κόσμο. Μετά την Ελευσίνα η Φλύα αποτελούσε τον κατεξοχήν Δήμο των μυστηριακών τελετών. Διέθετε σημαντικό τελεστήριο και γνωρίζουμε ότι μετά την καταστροφή του από τους Πέρσες το επισκεύασε ο Θεμιστοκλής. Μεγάλη ακμή γνώρισαν στη Φλύα και οι μυστικές τελετές της Φρυγικής Μεγάλης Μητέρας, που διήρκεσαν μέχρι τον 4ο αιώνα μ.Χ. αιώνα, μάρτυρες των οποίων είναι πολλοί ενεπίγραφοι βωμοί που βρέθηκαν στην περιοχή.